Das Gebiet der Stadt Aachen gehörte von Anfang an zum Bistum Lüttich beziehungsweise dessen Archidiakonat Hasbanien, Dekanat Maastricht. Im Mittelalter war die Wurm die Grenze zum Erzbistum Köln. Kirchliche Rechte hatte der Herzog von Jülich. Im Jahre 1708 gab es in Aachen 17 Klöster. 1802 wurde Aachen Sitz eines eigenen Bistums, das jedoch 1825 wieder aufgehoben wurde. Danach gehörte das Gebiet zum Erzbistum Köln, bevor 1930 das Bistum Aachen erneut als Suffragandiözese Kölns errichtet wurde. Kathedrale des Bistums Aachen und Hauptkirche der Stadt ist der Aachener Dom. Die katholischen Pfarrgemeinden der Stadt gehören innerhalb des Bistums zur Region Aachen-Stadt. Bischof ist seit 2016 Helmut Dieser.
Um 1530 begann in Aachen die Reformation. In den Folgejahren ließen sich vor allem protestantische (calvinistische) Tuchmacherfamilien in der Stadt nieder. 1544 wurde die erste Gemeinde gebildet, jedoch wurden den evangelischen Bewohnern auf Befehl des Kaisers ab 1550 alle öffentlichen Ämter versperrt. Der Rat der Stadt war jedoch gespalten, und 1559 verließen die evangelischen Mitglieder den Rat, worauf viele Protestanten abwanderten. 1576 konnte dank Unterstützung der Zünfte der Rat wieder mehrheitlich mit Protestanten besetzt werden. In der Folgezeit gab es zunächst eine lutherische und drei reformierte Gemeinden. Die Freiheiten dauerten jedoch nicht lange an, da 1598 die Reichsacht über die Stadt verhängt wurde und infolgedessen der evangelische Rat zurücktrat. Alle Predigthäuser und Schulen wurden geschlossen. Viele Protestanten wurden ausgewiesen. Nach einem Aufstand der Protestanten konnte 1611/1612 vorübergehend wieder ein protestantischer Rat gebildet werden, doch 1614 wurde erneut die Reichsacht verhängt und die Protestanten wurden ausgewiesen, teilweise sogar hingerichtet. Danach war die Zahl der Protestanten sehr gering, jedoch gab es stets evangelische Bewohner, die immer wieder versuchten, Einfluss in der Stadt zu gewinnen. Da sie jedoch keine eigenen Gemeinden bilden konnten, schlossen sich die lutherischen und reformierten Bewohner den Gemeinden in Vaals an. Dort wurde am 21. März 1649 zunächst eine reformierte Gemeinde gegründet, die 1672 die Hervormde Kerk erbauen ließ. Um 1669 gegründete sich die evangelisch-lutherische Gemeinde Aachen-Burtscheid-Vaals, die im Jahr 1737 Bauherr der lutherischen Kirche De Kopermolen war.
Nach dem Einmarsch der Franzosen gewannen die Protestanten allmählich ihre Gleichheitsrechte zu den Katholiken. 1802 erhielten sie die ehemalige Klosterkirche St. Anna für ihre Gottesdienste. Die inzwischen gegründete lutherische und reformierte Gemeinde fusionierte 1837 zur Vereinigten Evangelischen Gemeinde. Nachdem Aachen bereits 1815 preußisch geworden und 1817 die Evangelische Kirche in Preußen als unierte Kirche gebildet worden war, gehörte die Gemeinde in Aachen zu dieser Kirche beziehungsweise zu deren 1826 gebildeten rheinischen Provinzialkirche. 1838 wurde Aachen Sitz einer Superintendentur, aus der später der heutige Kirchenkreis Aachen innerhalb der Evangelischen Kirche im Rheinland hervorging, die ihrerseits 1947 durch Verselbständigung der Kirchenprovinz als Landeskirche entstand. Die Evangelische Kirchengemeinde Aachen gliedert sich in vier Gemeindebereiche (Aachen-Mitte, Süd, West und Nord) mit jeweils mehreren Pfarrbezirken. Zum Gebiet der Stadt Aachen gehören jedoch zwei weitere Gemeinden im Südosten: Brand gehört zur Kirchengemeinde Stolberg, die Orte im Bezirk Kornelimünster/Walheim gehören zur Kirchengemeinde Kornelimünster-Zweifall. Der Evangelische Kirchenkreis Aachen umfasst jedoch neben den Gemeinden in Stadt und Kreis Aachen (außer Eschweiler) auch Eifelgemeinden im Kreis Euskirchen.
Neben den beiden großen Kirchen gibt es in Aachen zahlreiche evangelische Freikirchen, unter anderem die Freie evangelische Gemeinde und die Evangelisch-Freikirchliche Gemeinde (Baptisten). Unter den weiteren christlichen Vereinigungen und Gemeinden finden sich eine altkatholische Gemeinde, freie christliche Gemeinden, vier verschiedene orthodoxe Gemeinden, insbesondere die von Bischof Evmenios von Lefke geleitete griechisch-orthodoxe Gemeinde der Stadtkirche St. Michael, und eine katholische koreanische Gemeinde.
Ein großer Teil der verschiedenen christlichen Gemeinden Aachens ist in der lokalen ökumenischen Arbeitsgemeinschaft Christlicher Kirchen (ACK) in Aachen zusammengeschlossen. Dazu zählen die Römisch-katholische Kirche, die Evangelische Kirche, die Griechisch-orthodoxe Kirche, die Russisch-Orthodoxe Kirche, die Serbisch-Orthodoxe Kirche, die Rumänisch-Orthodoxe Kirche, die Altkatholische Kirche, die Baptisten, die Freie evangelische Gemeinde, die Vineyard-Gemeinde, die Internationale Christliche Freikirche (ICF) und das Lighthouse Christliche Zentrum.
Ferner sind die Christengemeinschaft, die Zeugen Jehovas, die Kirche Jesu Christi der Heiligen der Letzten Tage, die Apostolische Gemeinschaft und die Neuapostolische Kirche in Aachen vertreten.
Aachen ist Standort für das Priesterseminar Aachen und Sitz der katholischen Hilfswerke missio, Misereor und der Sternsinger.
